초대 회장인 강성윤(동국대학교)을 비롯하여 김동규(고려대학교), 강신창(선문대학교), 최완규(북한대학원대학교), 전현준(통일연구원), 이상만(중앙대학교), 유호열(고려대학교), 백영옥(명지대학교),김영수(서강대학교), 최대석(이화여자대학교), 고유환(동국대학교), 류길재(북한대학원대학교), 최진욱(통일연구원), 박종철(통일연구원), 조성렬(국가안보전략연구원), 이우영(북한대학원대학교), 김석향(이화여자대학교), 김병로(서울대학교), 양문수(북한대학원대학교), 김수암(통일연구원), 진희관(인제대학교), 이기동(국가안보전략연구원), 전영선(건국대학교), 김용현(동국대학교)이 회장으로서 학회를 위해 힘써주었으며, 현재는 서보혁(통일연구원) 회장이 학회 발전을 위해 애쓰고 있다.